質譜分析儀是分離和檢測不同同位素的儀器。質量分析器是質譜儀器的核心，由質量分析器的不同構成了不同種類的質譜儀器。是將離子源產生的離子按m/z順序分開并排列成譜的儀器。
常見的質量分析儀器包括四極桿質量分析器 、離子阱質量分析器、傅立葉變換離子回旋共振(FT-ICR) 以及飛行時間質量分析器(TOF)。
四極桿質譜分析器是目前成熟、應用*泛的小型質譜計之一。在氣相色譜-質譜( GC/MS)和液相色譜-質譜(LC/MS) 聯用儀中,四極桿是常用的質量分析器之一。
離子阱質量分析器具有靈敏度高、質量范圍大、結構簡單、可實現多級串聯質譜MSn等優點。
飛行時間質譜計檢測離子的質荷比是沒有上限的，這就特別適合于生物大分子的測定。
傅立葉變換離子回旋共振(FT-ICR)的分辨率*，遠遠超過其它質譜分析器，可完成多級(時間上)串聯質譜的操作，可采用各種電離方式，便于與色譜儀聯機；具有靈敏度高、質量范圍寬、速度快、性能可靠等優點。
質譜分析儀的基本組成包括進樣系統、離子源、質量分析器、檢測器、真空系統和計算機控制與數據處理系統等。
1、進樣系統：將樣品送進離子源。
2、離子源：將樣品電離，得到帶有樣品信息的離子。
3、質量分析器：將離子源產生的離子按 m/z 大小分離開。
4、檢測器：用以測量和記錄離子流強度，得出質譜圖。
5、真空系統：保證離子源中燈絲的正常工作，保證離子在離子源和質量分析器中正常運行。
6、計算機控制與數據處理系統：通過計算機對質譜儀進行控制，通過軟件對質譜數據進行處理。
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